A Portaria Normativa no 17, do Ministério da Educação (ver menu 'Downloads'), dispõe sobre mestrados profissionais no país. De acordo com o Art. 1o desta portaria, cabe a Fundação Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES regular a oferta de programas de mestrado profissional mediante chamadas públicas e avaliar os cursos oferecidos. A proposta do Mestrado Profissional Biodiversidade em Unidades de Conservação foi apresentada à CAPES em abril de 2010, sendo o curso recomendado em março de 2011. O curso está inserido na Área de Ecologia Aplicada e Área de Avaliação de Biodiversidade, da CAPES.

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